为适应疾病谱和医学模式改变，扩大疾病预防控制功能，优化卫生防病资源，加强对疾病控制的应急能力，提高卫生防病科技水平和服务质量，理顺公共卫生执法监督体制，根据全国和上海市卫生工作会议精神和要求，1998年11月上海市疾病预防控制中心(简称市疾控中心)和上海市预防医学研究院正式挂牌成立。

    为建立具有时代特征、中国特色和上海特点的疾病预防控制体系，根据预防归口、综合管理、网络统一、上下对口、机构整合和功能重组的组建原则，在原市卫生防疫站基础上实质性合并市劳动卫生职业病防治研究所、市寄生虫病防治研究所、市结核病防治中心、市皮肤病性病防治中心以及市肿瘤防治研究办公室、市心脑血管疾病防治研究办公室，组成市疾控中心和市预防医学研究院。将治疗相关疾病的临床医院作为临床基地，将研究相关疾病的科研院校作为科研基地。通过协作机制，发挥上海整体防病优势，构成市级多部门合作疾控网络。按照功能对应、分级管理和能级指导的要求，组建区、县疾控中心和社区卫生服务中心(疾病综合防治)，形成上海市三级疾病预防控制网络体系。
    市疾控中心是实施市政府卫生防病职能的专业机构，集疾病预防与控制、监测检验与评价、应用科研与指导、技术管理与服务、综合防治与健康促进为一体，以预防和控制危险因素、疾病、伤害和失能，提高全人群健康水平和生命质量为目标。在继续加强传染病预防和控制的同时，积极开展对慢性非传染性疾病的预防和控制，重点加强疾病预防的技术决策、信息综合、防治实施、应用研究和预防服务等功能。
    市预防医学研究院由市疾控中心部分科室、若干研究室和重点实验室组成，是以开展预防医学应用研究，提高卫生防病实施技术，加快公共卫生人才培养为目标的科研机构，主要承担各类疾病预防控制的应用研究以及对环境、职业、营养不良等健康危害因素的识别、评价和控制的研究。

市、区（县）疾病预防控制机构基本信息 

单位	地址	电话（办公室）	传真	夜间值班电话	总机	邮编
上海市	中山西路1380号	62197119	62756323	62750270	62758710	200336
黄浦区	制造局路181号	53074700	53077655	53074277	53079191	200011
卢湾区	斜土路309号	53023806	53023806	63031178	63013388	200023
徐汇区	建国西路357号（新址：永川路50号）	64313705（新址不定）	64313705（新址不定）	64370969（新址不定）	新址不定	200237
长宁区	云雾山路39号10楼	52064102	52064119	52069595	52065959	200051
静安区	江宁路422号乙	62722979	62722979	62722573	62177733	200041
普陀区	丹巴路1628号	52828928	52828928	52827100	52828686	200333
闸北区	永和路195号	66315215	66315015	66315110	56659090	200072
虹口区	长阳路197号	65418250	65418250	65536501	65858999	200082
杨浦区	长阳路1565号	65435824	65435824	25010118	无	200090
宝山区	月明路158号	33796780	33796780	33796732	33796760	201901
闵行区	七宝镇中谊路965号	54883791	54885229	54883151	54880808	201100
嘉定区	塔城路264号	59528550	59916107	69530004	无	201800
浦东新区	张杨路3039号	50342641	50342641	50342409	无	200136
奉贤区	南桥镇解放东路931号	57193441	57193453	57193447	无	201400
松江区	西林北路1050号	37731097	37731097	57701546	无	201620
金山区	朱泾镇卫生路94号	57333447	57329030	57333445	无	201500
青浦区	华科路550弄8号	33860590	33860610	33860609	无	201700
崇明县	一江山路567号	69611401	69611401	69611411	无	202150