30年来，上海加大对公共卫生体系的改革和投入，努力构筑城市公共卫生安全网，1996年在全国率先进行卫生监督体制改革；1998年在实质性整合原市卫生防疫站等市卫生局所属7个专业防治站所的基础上成立了全国第一个疾病预防控制中心。为更好推进公共卫生体系建设，2003-2005年，本市制定并实施了第一轮《上海市加强公共卫生体系建设三年行动计划》，市和区县政府共投入建设资金47.15亿元； 2007年起，本市又启动了第二轮三年行动计划（2007-2009年），主要建设任务覆盖应急控制、疾病预防控制等七大系统，共计27个主项目（75个子项目），经费预算达63776万元。2006年，上海还在全国第一批设立“12320”公共卫生公益电话。通过实施“行动计划”，本市预防和控制各类疾病及应对自然灾害、事故灾难和突发公共卫生事件能力将不断提高，甲乙类传染病得到有效控制。据统计，本市甲、乙类传染病发病率从1978年的1700/10万降低到2007年的198.95/10万，始终控制在历史较低水平。在甲类传染病种中，鼠疫已经得到消灭，霍乱得到了有效控制，1981年停种牛痘，1986年成为全国第一个实现“基本消灭疟疾”目标省市，1990年被确认为全国第一个“基本消灭麻风病”省市。
