2008年5月12日，四川汶川地区发生特大地震后，上海市卫生系统按照卫生部和上海市委、市政府的统一部署，心系灾区，在第一时间建立了由市卫生局主要领导任组长的抗震救灾工作领导小组，在5小时内组建了6支医疗卫生救援队共160名队员，调集了30辆医疗急救车及60名急救队员迅速赶赴四川，同时还紧急筹集了近百吨的医疗救灾物资运往灾区。
在抗震救灾期间，上海共派遣了1280余名医疗防疫人员参加救灾工作，各医疗队共救治伤员60665人次，开展手术1157人次，抢救了许多危重伤员。派遣的防疫队累计疾病监测6千余次、开展健康教育10余万人次、消毒36.72平方公里、探查水源千余次；急救队运转伤病员816人次。同时，本市安排19家市级医院收治灾区来沪伤员307名。在各医院医务人员的积极救治和悉心照料下，伤员们逐步康复出院。
6月底，根据中央和市委、市政府的统一部署，抗震救灾工作逐步转入对口支援都江堰市灾后重建工作。目前已先后组织派遣了532人赴都江堰对口支援，制定了长期援建的工作方案，长效管理的工作机制，对口支援工作已取得了阶段性成效。
