已知天然水体中80多种可能的致病菌，例如假单胞菌、沙雷菌、腺状菌、色素杆菌、无色杆菌、气单胞菌等，枯草芽胞杆菌、肠线菌、克雷伯杆菌、放线菌属和链霉菌属等是从土壤或蔬菜上不时冲入水体中的，这些致病菌一旦进入自来水厂便可附着于水处理设备的生物膜上或在输配水管道中再生长。水是这些致病菌的重要传播途径，通过接触或损害皮肤、吸入、饮用、呼出或与眼、鼻、耳、口等黏膜直接接触危害人体健康，如导致霍乱、伤寒、痢疾等疾病。
为了使水质符合细菌学标准，自来水厂主要采用通氯气、加二氧化氯消毒液等消毒方法，灭活或去除所有致病菌，达到可接受的水平，保障饮水卫生安全。
《生活饮用水卫生标准》（GB5749-2006）中，选择总大肠菌群、耐热大肠杆菌、大肠埃希菌、细菌总数、贾第鞭毛虫和隐孢子虫作为微生物的6个指标，各指标都具有其特定的意义。
1、总大肠菌群：总大肠菌群包括能够在水中存活和生长的微生物，可以用作评价水处理效果、输配谁系统清洁度、完整性和生物膜存在与否的指示菌。
2、耐热大肠杆菌：耐热大肠杆菌中的主要优势菌为埃希大肠杆菌，可作为粪便污染的指标。
3、大肠埃希菌：大肠埃希菌是粪便污染最有意义的指示菌，已被世界上许多组织、国家和地区使用，若水样检出大肠埃希菌说明水质可能受到严重污染，应采取相应措施。
4、细菌总数：除了总大肠菌群外，水体中的细菌总数指标也可指示饮用水中的微生物污染状况，可判定自来水厂的净化消毒效果，且检测方法简便。
5、贾第鞭毛虫和隐孢子虫：贾第鞭毛虫和隐孢子虫是一类寄生于人和动物体内的肠道原虫，它们的孢囊和卵囊在受生活污水污染的地表水、处理不良的自来水中均可检出。它们可引起人的消化道感染，症状与腹泻相似。
